Durch den dunkel gehaltene Vorraum gelangt man in das Gotteshaus. Hier befindet sich auf der linken Seite die Jahreskrippe mit dem entsprechenden biblischen Text der gezeigten Szene. Dann betritt man den weiten, lichten Kirchenraum. Die hoch angelegten Fenster lassen das Tageslicht hereinfluten. Dadurch wirkt die Kirche trotz ihrer Größe und Nüchternheit freundlich einladend. Die Asymmetrie ist harmonisch ausgeglichen durch die linke Seitenempore. Die Farbensymphonie des Isenheimer Altarbildes zieht sofort den Blick auf sich, betont durch die Lichtfülle des Altarraums. Dazu kommt, dass das leichte Gefälle des Kirchenbodens zum erhöhten Altar hin das Kirchenschiff verkürzt erschienen und Altar mit Altarbild dem Besucher optisch näher rücken lässt.
Seit der Kirchenrenovierung 1974 steht der Altar, den neuen liturgischen und pastoralen Vorschriften entsprechend, dem Volke zugewandt. Der Umbau erfolgte mit dem Material des ursprünglich sehr breiten Hochaltars und dem Mittelteil der Altarplatte mit den Reliquien. Der gewaltige, aus Natursteinen errichtete Chorbogen trägt im Schlussstein die seit alters gebräuchlichen Buchstaben IHS für Jesus (Eph 2,20): "Der Schlußstein ist Jesus Christus selbst"; an den beiden Seiten Alpha und Omega, der Anfang und das Ende (Offb 8). Der Bogen erinnert zugleich an den Regenbogen, das Zeichen des Bundes zwischen Gott und Noah, dem Vertreter des neuen Menschengeschlechtes nach der Sintflut (Gen 9, 12-13).
Seit 1996 besitzt die Kunigundenkirche auf der rückwärtigen Empore eine mechanische Schleifladenorgel der Orgelbaufirma Sandtner. Das Instrument verfügt über 28 Register, verteilt auf zwei Manuale und Pedal mit insgesamt 1697 Pfeifen. Der Orgelprospekt ist, bezogen auf die Raumgestaltung, relativ schlicht gehalten und nützt die Höhe der Empore aus.