1939 - 1945
Die Schularbeit der Pfarrgeistlichen wurde zu Anfang des Jahres 1939 erheblich vermehrt, da die Lehrerschaft mit wenigen Ausnahmen den Bibelunterricht niederlegte. Zu Beginn des neuen Schuljahres im Mai 1939 lag der gesamte Religionsunterricht von der 1. bis zur 8. Klasse in den Händen der Geistlichen.
Die Verdunkelungspflicht und die Kälte nötigten dazu in der Kirche einen heizbaren und verdunkelungsfähigen Raum einzurichten, der aber leider nicht groß genug war um allen Aufnahmebedürftigen Platz zu bieten. In den letzten Kriegsjahren waren bei Fliegeralarm bis zu 1.000 Menschen in der Unterkirche und in den einzelnen Stockwerken der Türme untergebracht. In der Nacht zum 31. März 1944 fiel - wahrscheinlich ein Notwurf - die erste feindliche Luftmine und detonierte nicht allzu weit von der Kirche entfernt. An der Kirche wurden die Kreuzwegfenster an der Nordseite ganz oder teilweise zerstört.
Den ersten richtigen Bombenangriff erlebte Bamberg am 14. Februar 1945. Ziel war der Bahnhof, wobei etliche zur Pfarrei gehörenden Wohn- und Industrieviertel in der Nähe des Bahnhofs mitgetroffen wurden. 32 Pfarreimitglieder starben. Am 22. Februar erfolgte der zweite Angriff, diesmal von einem stärkeren Verband von etwa 45 Flugzeugen. Die Neuerbstraße, das Gebiet vom Bahnhof bis zur Hofbräu, die Felder an der Zollnerstraße und der Umkreis des "Kapitol" wurden schwer getroffen. Zwölf Pfarreimitglieder büßten ihr Leben ein. Der dritte Angriff erfolgte am 11. April 1945, zwei Tage vor dem Einmarsch der Amerikaner, ganz auf den Bereich unserer Pfarrei. Bei diesem Angriff wurde das Kraftpostwerk und die beim Werk gelegenen Wohnungskolonien bis auf zwei Häuser zum größten Teil zerstört, zehn Menschen kamen dabei um.
Der größte Schaden an der Kirche und am Pfarrhaus entstand am Weißen Sonntag als nachmittags gegen 18.00 Uhr ein einzelner Tiefflieger einen Munitionszug am Bahnhof zur Explosion brachte. Die gewaltige Detonation drückte in der Kirche während der Abendmesse auch noch alle Kreuzweg-Glasgemälde auf der Südseite ein, nachdem die der Nordseite ja schon ein Jahr zuvor zerstört wurden.
Nach ihrem Einmarsch am 13. April respektierte die amerikanische Besatzungsarmee sichtlich Kirche und Pfarrhaus und hielt auch Gottesdienste für amerikanische Soldaten in der Kirche ab. Auch entwickelten sich gute Beziehungen zu den amerikanischen Feldgeistlichen. In der Folgezeit fanden Kriegsgeschädigte und -flüchtlinge teilweise sogar monatelang Unterkunft im Pfarrhaus, das nur geringfügig beschädigt war.
